番茄生長期長，可連續開花結果，耐肥，產量高，根系主要分布在20-30厘米耕作層內，整個生長期會從土壤中吸收大量的氮、磷、鉀等養分。番茄吸收氮、磷、鉀、鈣、鎂的比例為1：0.3：1.5：0.49：0.12，每生產1000千克番茄會吸收氮3.86千克、五氧化二磷1.15千克、氧化鉀4.44千克、鈣1.8-2.1千克、鎂0.4-0.7千克。溫室番茄生產要實現畝產量5500千克以上，正確、適時、適量施肥極為重要。
1.育苗期施肥。育苗時應合理、科學施肥，控制好氮、磷、鉀的用肥比例，對培育優質壯苗，提早、提高開花率和結果率很重要。育苗合理的氮、磷、鉀比例為1：2：2。現今番茄育苗多是配制營養土，主要包括腐熟的豬、牛、羊、馬糞等和少量化肥。雞糞富含氮、磷、鉀等營養元素，其中含氮1.63%、磷1.54%、鉀0.85%。雞糞一定要腐熟后使用，否則易發熱、霉腐和生蟲，導致幼苗枯死。育苗時土壤速效養分含量只要達到硝態氮和銨態氮170-200毫克/千克、磷350-500毫克/千克、鉀450-600毫克/千克，就能大致滿足培育優質壯苗所需。過高的土壤養分濃度或施用未腐熟的廄肥等，易造成肥害，燒死幼苗。育苗的營養土應提前10-15天準備好，每10平方米苗床要拌入充分腐熟豬、牛糞等130-160千克、過磷酸鈣1千克、氯化鉀0.3-0.4千克。育苗期追肥可結合澆水進行，每隔10-13天葉面噴施1次0.2%磷酸二氫鉀或0.3%尿素溶液。對于徒長的幼苗，只可葉面噴施磷酸二氫鉀溶液。番茄幼苗1-2片真葉展開后，如能連續17-20天施用濃度為700-1000毫克/千克二氧化碳氣肥，產量可提高10%-15%。
2.定植前重施基肥。基肥以施用腐熟豬、牛、羊等廄肥為好，再配合施用適量的磷、鉀肥。如要實現番茄畝產量5500-7000千克，每畝應施廄肥6000-7000千克、過磷酸鈣40-50千克、氯化鉀10-15千克。先將基肥撒于地表，后深翻、耙碎、整畦并澆足水備用。
3.巧施促苗肥。促苗肥要求輕而薄，幼苗定植12-15天，結合澆水，每畝對水或淺溝（穴）施尿素8-10千克，也可澆施對水人糞尿400-500千克。
4.重施盛果肥。番茄**穗果膨大始期，要重施1次催果肥，每畝結合灌水溝（穴）施尿素12-15千克、硫酸鉀8-10千克，或澆施對水腐熟人糞尿600-700千克。為提高番茄產量，此期每天早上日出后開始施用二氧化碳氣肥1.5-2小時，濃度為1300-1500毫克/千克，連用16-20天；每次通風前25-30分鐘停止施用二氧化碳氣肥。番茄**穗果近成熟時，即進入盛果期，此期要適當增加追肥量，每畝可淺溝（穴）施尿素13-15千克、硫酸鉀9-10千克，或對水腐熟人糞尿700-800千克。
5.不可輕視中后期追肥。溫室如栽培晚熟番茄品種，生長和結果期較長，結果多，產量高，要特別重視中后期的追肥，以防早衰減產。中后期一般追肥2-3次，每次每畝淺溝（穴）施尿素8-10千克、硫酸鉀9-10千克，或對水腐熟人糞尿600-700千克。后期應選晴天下午葉面噴施0.2%磷酸二氫鉀或0.3%尿素溶液2-3次；如土壤缺硼、鉬肥，還要葉面噴施1-2次濃度為10毫克/千克硼或鉬微量元素肥，能提高果實中維生素和可溶性固形物的含量，提升果實的品質和售價。